حدیث کی طرح فقہ و اجتہاد کے بھی ماہر تھے، ابواسحاق شیرازی، حاکم صاحبِ مستدرک اور خطیب نے ان کو فقہ و اجتہاد میں جامع اور اکابرِ فقہا میں شمار کیا ہے، حافظ ابن کثیر نے «”أحد المجتهدين من الانام“» اور ابن حبان نے نامور ممتاز فقہا میں ان کا شمار کیا ہے، ایک مرتبہ امام احمد بن حنبل سے ان کے بارے میں سوال کیا گیا تو فرمایا کہ اسحاق کے مانند کون ہو سکتا ہے، ایسے ہی لوگوں سے مسائل دریافت کرنا چاہیے، ہم لوگ بھی ان سے فتوے پوچھتے ہیں۔ [تاريخ بغداد: 349/6، 350، 351 - تاريخ ابن عساكر: 411/2، 412 - البداية و النهاية: 317/10]
غرض فقہی حیثیت سے بھی ان کا پایہ بہت بلند تھا اور وہ مسلمہ امام اور صاحبِ مذہب فقہا میں ہیں اور متعدد علما نے ان کا محدث کے بجائے فقیہ و مجتہد ہی کی حیثیت سے ذکر کیا ہے، کتب خلاف میں ان کے اقوال و فتاویٰ اور فقہی و اجتہادی تخریجات موجود ہیں، امام ترمذی نے اپنی ”سنن“ میں اور ابن رشد مالکی نے اپنی کتاب «”بداية المجتهد“» میں اکثر امام احمد کے ساتھ اسحاق کے اقوال بھی نقل کیے ہیں، ایک زمانہ تک مسلمانوں میں اسحاق کا مذہب رائج رہا۔
حافظ ابن قیم رحمہ اللہ لکھتے ہیں کہ ”محمد بن اسحاق امام الائمہ کے لقب سے موسوم کیے جاتے تھے، ان کے متبعين ان کے مذہب کی پیروی کرتے تھے، وہ مقلد کے بجائے خود امام مستقل اور صاحبِ مذہب تھے“، بیہقی نے یحییٰ بن محمد عنبری کے حوالہ سے لکھا ہے کہ اصحاب حدیث کے پانچ طبقے ہیں: (1) مالکیہ۔ (2) شافعیہ۔ (3) حنبلیہ۔ (4) راہویہ اور (5) خزیمیہ۔ [اعلام الموقعين، ص: 362]